重庆保税港区于2008年11月12日经国务院批准设立，2022年1月更名为综合保税区。实行“管委会+集团公司”的运行模式（两块牌子一套人马），在全国综保区首创扁平化管理体制。管委会主要负责搭建开放平台、培育开放产业、营造开放环境。集团公司主要负责开放平台运营、开放产业投资、产业贸易物流。

综保区功能定位为“全功能、枢纽型、产业开放平台”，开发管理面积63平方公里，包括临空经济区（空港）、临港产业园（果园港）、寸滩国际商务中心三大功能片区。综保区地处“一带一路”、长江黄金水道、西部陆海新通道的交汇连接点，拥有“四区”叠加（自贸试验区、综合保税区、贸易功能区、跨境电商综合试验区）功能政策，具有三大显著优势：全国首个具有空港+水港双功能的海关特殊监管区；重庆唯一具有指定进口口岸的综保区（已获批进境肉类、水果、粮食、冰鲜水产品、食用水生物、植物种苗、金伯利钻石、首次进口药品和生物制品等口岸）；长江上游唯一获批的港口型国家物流枢纽（果园港），“铁空水公”多式联运中心。在中西部开放平台中具有独特的竞争力，在重庆开放大局中具有重要的战略地位。主导产业为“汽车+电子”“保税+业态”，年规上工业产值约1000亿元，是重庆九大千亿级产业园之一，占重庆电子产业产值18%左右。外贸进出口总额在重庆占比四分之一左右，在全国169个综保区中位列第8，年贡献海关税收100亿元以上。

保税港区集团公司于2008年12月由市政府批准设立，是市属国有重点企业，委托两江新区管理。包括6家全资或控股子公司，从业人员1500人。截至2024年底，资产总额438亿元。依托通道、枢纽、口岸、产业、场景等综合优势，集团公司聚焦开放产业投资，设立50亿元果园港产业发展基金，重点培育、投资新能源汽车核心零部件产业和保税再制造、特色生物医药等保税+特色产业。聚焦产业贸易物流，打造了国际贸易数字平台、汽车出口基地+KD件枢纽中心、大宗商品交易中心等一批兴产业、聚贸易、促业务的市场化平台，设立了铸造铝期货交割库，围绕核心原材料采购、战略物资储备、大宗消费品拓展贸易业务，2025年贸易额将突破100亿元。聚焦开放平台运营，正在打造地标性国际文化旅游枢纽、绿色低碳智慧能源产业园、德勤中国数智中心、成渝RCEP经贸中心等标志性项目。未来5年，保税港区发展后劲潜力巨大、内生动力正在汇集，将努力打造全国具有重要影响力的高质量发展战略性开放平台和重庆辨识度、西部领先的开放产业综合服务头部企业。